وبحسب المرسوم الأميري يُعتمد الهيكل التنظيمي العام لهيئة الشارقة للتعليم الخاص، على أن يُصدر المجلس التنفيذي في إمارة الشارقة بقرارات منه ما يلي:

1. الهيكل التنظيمـي التفصيلي للهيئة والقرارات اللازمة لتنفيذ هذا المرسوم بما في ذلك اعتماد التوصيف الوظيفي لمهام الوحدات التنظيمية في الهيئة بما يتفق واختصاصاتها.

2. استحداث أو دمج أو إلغاء أية وحدات تنظيمية تتبع الإدارات المدرجة ضمن الهيكل التنظيمي العام.